Tỷ lệ lắng đọng của thủy ngân trước thời kỳ công nghiệp từ khí quyển có thể nằm trong khoảng 4 ng/L ở miền tây nước Mỹ. Mặc dù có thể coi nó như là mức phơi nhiễm tự nhiên, nhưng nó có ảnh hưởng đáng kể. Sự phun trào núi lửa có thể tăng nồng độ trong khí quyển từ 4–6 lần.

Thủy ngân đi vào môi trường như một chất gây ô nhiễm từ các ngành công nghiệp khác nhau:

• Các xí nghiệp sử dụng than làm nhiên liệu là nguồn lớn nhất (40% trong khí thải của Mỹ năm 1999, tuy nhiên đã giảm khoảng 85%).
• Các công nghệ trong công nghiệp:
  • Sản xuất clo, thép, phốtphat & vàng
  • Luyện kim
  • Sản xuất & sửa chữa các thiết bị điện tử
  • Việc đốt hay vùi lấp các chất thải đô thị
• Các ứng dụng y học, kể cả trong quá trình sản xuất và bảo quản vacxin.
  • Nha khoa
  • Công nghiệp mỹ phẩm
• Các thí nghiệm trong phòng thí nghiệm liên quan đến các hợp chất của thủy ngân và lưu huỳnh.

Thủy ngân cũng đi vào môi trường theo đường xử lý một số sản phẩm nào đó. Các sản phẩm có chứa thủy ngân bao gồm: các bộ phận của ô tô, pin, đèn huỳnh quang, các sản phẩm y tế, nhiệt kế và máy điều nhiệt.. Vì các vấn đề liên quan tới sức khỏe (xem dưới đây), các cố gắng giảm sử dụng các chất độc là cắt giảm hoặc loại bỏ thủy ngân trong các sản phẩm đó. Ví dụ, phần lớn các nhiệt kế sử dụng rượu nhuộm màu thay cho thủy ngân. Các nhiệt kế thủy ngân thỉnh thoảng vẫn được sử dụng trong y khoa hay các ứng dụng khoa học do chúng có độ chính xác cao hơn của nhiệt kế rượu và có khoảng đo cao hơn, mặc dù cả hai đang được thay thế dần bằng các nhiệt kế điện tử.

Một trong những thảm họa công nghiệp tồi tệ nhất trong lịch sử là thải các hợp chất thủy ngân vào vịnh Minamata, Nhật Bản. Tập đoàn Chisso, một nhà sản xuất phân hóa học và sau này là công ty hóa dầu, đã bị phát hiện là chịu trách nhiệm cho việc gây ô nhiễm vịnh này từ năm 1932 đến 1968. Người ta ước tính rằng trên 3.000 người đã có những khuyết tật nào đó hay có triệu chứng ngộ độc thủy ngân nặng nề hoặc đã chết vì ngộ độc nó, từ đó nó trở thành nổi tiếng với tên gọi thảm họa Minamata.